Poco se conoce de sus orígenes, aunque cabe pensar que los árabes presenciaron su nacimiento al dar nombre al "Río Modúbar" (en árabe, مدور mudawwar, que significa "redondo"3] ) o según otros autores, como el Cronista Oficial de la Provincia Fray Valentín de la Cruz se trataría de una palabra prerromana referida a "montículos de tierra". En cuanto a su apellido "Emparedada", dice la leyenda que está tomado de una rica señora que fue acogida tras declararse la peste y curada entre paredes de la Iglesia, aunque en este tema discrepa también el historiador atribuyendo este apellido a una deformación de "Emperador" referido al Rey Alfonso VI.
Se conocen restos arqueológicos prehistóricos en el Altotero.
Tras la desaparición de su poblado (Quintana de los Cojos ó Quintanilla de los Coxos) pasó sus bienes y tierras a la comunidad. Administrativamente y como barrio, forma parte del Pueblo Cojóbar.
Lugar que formaba parte, del Alfoz y Jurisdicción de Burgos en el partido de Burgos, uno de de los catorce que formaban la Intendencia de Burgos durante el periodo comprendido entre 1785 y 1833, tal como se recoge en el Censo de Floridablanca de 1787. Tenía jurisdicción de realengo con alcalde pedáneo.
A los Modubeos o Modubeños se les conoce como "Ahorcacristos" (parece ser que tras una romería dejaron colgado a un roble la Cruz de Cristo, para salvar de feroz tormenta los pellejos de vino que también portaban en procesión).